Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE memeout_e2/e2.fa
Database contains 6008 sequences, 1300159 residues

MOTIFS memeout_e2/dreme_out/dreme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
TGACCB 6 TGACCT
ATGTCA 6 ATGTCA
MGGGCR 6 AGGGCA
HGATAA 6 AGATAA
RTAAAYA 7 GTAAACA
AGGTCG 6 AGGTCG
AGGTTA 6 AGGTTA
CCTGGS 6 CCTGGG
TGACWCA 7 TGACACA
AAAGMCCT 8 AAAGACCT
RCAAAYA 7 GCAAACA
ATCTMATC 8 ATCTCATC
CBGTGAC 7 CTGTGAC
ACAARATA 8 ACAAGATA
AGGTTGCA 8 AGGTTGCA
GTAAAGAA 8 GTAAAGAA
GGAATGCA 8 GGAATGCA
CHGGGGCA 8 CTGGGGCA
AGGTGACM 8 AGGTGACA
CGTGTCM 7 CGTGTCA
CCTDAGGC 8 CCTGAGGC
GGTYA 5 GGTCA
ARATA 5 AGATA
CCTGCCTY 8 CCTGCCTT
CTGTAMTC 8 CTGTAATC

Random model letter frequencies (memeout_e2/background):
A 0.242 C 0.258 G 0.258 T 0.242

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
AGGTTGCA DREME-15 chr16 - 1344107 1344114 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr4 - 2683253 2683260 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr17 + 4151638 4151645 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr17 + 4214455 4214462 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr19 - 4536868 4536875 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr7 - 4660606 4660613 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr12 + 6384925 6384932 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr5 + 6691342 6691349 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr19 + 7479814 7479821 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr1 + 7601064 7601071 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr2 + 8247328 8247335 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr6 - 10249010 10249017 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr16 + 10732315 10732322 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr2 - 11262631 11262638 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr16 + 11512244 11512251 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr3 - 11809686 11809693 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr11 + 12267332 12267339 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr10 - 12914823 12914830 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr19 - 13020756 13020763 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr10 + 13580207 13580214 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr17 + 16575692 16575699 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr19 + 16935685 16935692 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr8 - 17347117 17347124 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr1 - 17795565 17795572 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr6 + 18004597 18004604 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr9 - 19160820 19160827 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr20 - 19764799 19764806 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr13 - 20205853 20205860 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr8 - 21275844 21275851 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr14 - 22741594 22741601 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr19 + 23587799 23587806 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr1 - 24328047 24328054 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr17 - 25804223 25804230 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr13 + 26596892 26596899 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr16 + 27908052 27908059 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr1 - 28395393 28395400 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr1 + 30855805 30855812 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr12 + 31628616 31628623 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr12 + 31631568 31631575 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr20 + 33060105 33060112 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr12 + 33165414 33165421 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr20 + 34671348 34671355 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr20 - 35908058 35908065 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr19 + 35989647 35989654 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr6 - 36090520 36090527 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr20 - 36191212 36191219 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr14 - 37671151 37671158 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr9 - 38023268 38023275 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr5 + 39569680 39569687 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr4 + 40365437 40365444 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr4 - 40459534 40459541 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr4 + 41264396 41264403 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr3 - 42016102 42016109 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr21 - 43025905 43025912 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr2 - 44213345 44213352 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr22 + 44907658 44907665 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr21 - 45236828 45236835 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr18 + 46074952 46074959 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr21 + 46290374 46290381 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr1 - 46318678 46318685 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr17 + 46583303 46583310 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr18 + 46839542 46839549 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr17 - 49175234 49175241 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr17 - 49175259 49175266 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr20 - 49241285 49241292 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr10 + 51581711 51581718 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr1 - 52007635 52007642 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr20 - 52138960 52138967 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr12 - 53551998 53552005 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr2 - 54215958 54215965 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chrX - 54490135 54490142 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr14 - 54725188 54725195 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr2 - 55391091 55391098 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr17 - 55489474 55489481 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr4 + 56793619 56793626 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr5 + 57031318 57031325 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr17 - 58424621 58424628 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr14 - 58726108 58726115 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr3 + 59091510 59091517 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr18 - 59590062 59590069 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr18 - 60929088 60929095 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr3 + 61810398 61810405 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr17 + 62660971 62660978 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr17 + 62664630 62664637 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr12 + 63480420 63480427 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr7 - 64281017 64281024 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr17 - 66386551 66386558 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr16 - 68366462 68366469 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr16 - 68779796 68779803 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr11 - 70105378 70105385 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr16 - 70170721 70170728 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr4 - 70424433 70424440 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr2 - 70843600 70843607 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chrX + 70850915 70850922 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr18 - 71684612 71684619 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr17 + 72571055 72571062 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr11 + 72905679 72905686 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr14 + 74613894 74613901 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr16 + 75063894 75063901 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr8 - 75930602 75930609 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr10 + 76966776 76966783 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr4 - 77491547 77491554 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr4 + 77774012 77774019 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr17 + 78076993 78077000 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr11 - 78771167 78771174 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr16 - 79071547 79071554 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr10 + 79732119 79732126 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr17 + 80192860 80192867 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr16 - 80561862 80561869 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr5 - 81274555 81274562 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr9 - 83294466 83294473 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr4 + 87855815 87855822 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr16 - 88668813 88668820 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr15 + 89649462 89649469 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr12 - 89818916 89818923 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr7 + 90994547 90994554 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr1 - 91565470 91565477 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr12 + 92501873 92501880 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr2 - 97630612 97630619 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr13 - 99311980 99311987 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr2 + 100234334 100234341 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr2 + 100563838 100563845 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr7 + 101588103 101588110 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr8 - 102475135 102475142 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr8 - 102524778 102524785 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr14 + 103347363 103347370 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr2 + 107147233 107147240 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr2 - 108912325 108912332 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr9 + 110304141 110304148 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr12 - 110709495 110709502 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr7 - 111784606 111784613 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr1 - 112057687 112057694 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr1 - 114532155 114532162 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr9 + 115661208 115661215 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr3 + 116744496 116744503 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr11 + 117933642 117933649 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr6 + 119359604 119359611 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr10 - 121447755 121447762 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr12 - 121609243 121609250 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr12 - 122442968 122442975 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr5 + 122884086 122884093 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr12 + 124080506 124080513 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr8 - 125462641 125462648 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr4 + 126444311 126444318 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr8 - 129120543 129120550 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr3 + 129413406 129413413 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr4 + 130987112 130987119 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr9 + 131814995 131815002 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr5 - 132621747 132621754 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr5 - 132621871 132621878 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr12 + 133656215 133656222 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr8 + 134439143 134439150 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr6 + 135580260 135580267 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr3 - 140699618 140699625 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr5 + 141212752 141212759 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr5 - 142560913 142560920 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr4 + 150780481 150780488 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr1 - 154181302 154181309 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr1 - 154913934 154913941 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr6 - 158176167 158176174 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr5 - 159594324 159594331 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr3 - 165398864 165398871 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr4 + 169422498 169422505 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr3 - 170038438 170038445 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr3 - 170052769 170052776 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr3 - 170061807 170061814 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr1 + 172600079 172600086 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr2 - 173139522 173139529 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr5 + 176414154 176414161 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr1 - 197001653 197001660 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
AGGTTGCA DREME-15 chr1 + 200398527 200398534 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr1 + 205622114 205622121 1.52e-05 0.22 aggttgca
AGGTTGCA DREME-15 chr2 - 237875968 237875975 1.52e-05 0.22 AGGTTGCA
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc memeout_e2/fimo_out_10 --bgfile memeout_e2/background --motif AGGTTGCA memeout_e2/dreme_out/dreme.xml memeout_e2/e2.fa

Settings: 


  

    output_directory = memeout_e2/fimo_out_10
    MEME file name = memeout_e2/dreme_out/dreme.xml
    sequence file name = memeout_e2/e2.fa
  
  

    background file name = memeout_e2/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

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