Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE chipseq_overlap/chipseq.overlap.optimal_peak.fa
Database contains 33355 sequences, 7002569 residues

MOTIFS chipseq_overlap/dreme_out/dreme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
ATGYANAT 8 ATGCAAAT
MATRACAA 8 CATAACAA
CTGKGD 6 CTGGGA
RGAAA 5 AGAAA
TATGYWAA 8 TATGCTAA
TATTYW 6 TATTTT
CDGSAG 6 CAGGAG
ATGCGCAT 8 ATGCGCAT
CBCCWCCC 8 CCCCTCCC
RAATGY 6 AAATGT
ACARAGV 7 ACAAAGA
ACGTV 5 ACGTG
ACACAYAC 8 ACACACAC
AGRKGGCG 8 AGGGGGCG
CYTCCY 6 CTTCCT
TACAGGYR 8 TACAGGCA
ATGNTAAT 8 ATGATAAT
CAGWG 5 CAGAG
CCRCCDCC 8 CCACCACC
AAAAMAAA 8 AAAAAAAA
CCCGCCBC 8 CCCGCCCC
CAGCCTGG 8 CAGCCTGG
CRGMCAC 7 CAGCCAC
CDGGAA 6 CTGGAA
TTTAHAAA 8 TTTAAAAA
ATAATAA 7 ATAATAA
CATTSTC 7 CATTGTC
GCATYACA 8 GCATTACA
CCACCABG 8 CCACCAGG
CTGDCTTC 8 CTGGCTTC
GAGAGAGA 8 GAGAGAGA
AAATAY 6 AAATAT
ATAAAWG 7 ATAAAAG
ACASCTGG 8 ACACCTGG
GTCTCYAC 8 GTCTCTAC
AGCCACCG 8 AGCCACCG
CAACATRG 8 CAACATGG
CTGGSCTC 8 CTGGCCTC
ACCWCGG 7 ACCTCGG

Random model letter frequencies (chipseq_overlap/background):
A 0.277 C 0.223 G 0.223 T 0.277

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
TTTAHAAA DREME-25 chr4 + 58323 58330 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr4 - 58321 58328 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr20 - 232054 232061 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chrX + 315284 315291 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr3 - 492875 492882 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr9 + 674383 674390 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr6 + 680330 680337 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr6 - 681789 681796 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr18 + 903927 903934 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr12 + 938602 938609 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr12 - 938600 938607 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr16 + 1126774 1126781 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr16 - 1126772 1126779 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr8 + 1302143 1302150 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr8 - 1302141 1302148 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr18 - 1351108 1351115 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr6 + 1437022 1437029 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr6 - 1437020 1437027 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr12 - 1529322 1529329 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr16 - 1754344 1754351 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr10 + 1785655 1785662 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr19 + 1852403 1852410 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr5 + 1935023 1935030 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr2 + 2029599 2029606 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr2 - 2029597 2029604 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr17 + 2135533 2135540 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr17 - 2135531 2135538 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr11 + 2370551 2370558 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr19 + 2391385 2391392 3.47e-05 0.215 tttAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr19 - 2391383 2391390 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr3 + 2600815 2600822 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr3 - 2600813 2600820 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr10 + 2618037 2618044 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr10 - 2618185 2618192 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chrX + 2849767 2849774 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr1 - 2965473 2965480 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr19 - 3159652 3159659 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr4 + 3239742 3239749 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr4 - 3239740 3239747 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr3 + 3293350 3293357 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr3 - 3293348 3293355 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr6 + 3323293 3323300 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr7 + 3346872 3346879 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr7 - 3346870 3346877 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr18 - 3593876 3593883 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr16 - 3689735 3689742 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr9 + 3695862 3695869 3.47e-05 0.215 TTTAAAAa
TTTAHAAA DREME-25 chr4 - 3755928 3755935 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr16 + 3883947 3883954 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr16 - 3893269 3893276 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr6 - 4023746 4023753 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr12 + 4081631 4081638 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr3 + 4120449 4120456 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr17 - 4123859 4123866 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr6 + 4156422 4156429 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr1 + 4292423 4292430 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr6 - 4487229 4487236 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr19 - 4724523 4724530 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr5 + 5085979 5085986 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr5 - 5085977 5085984 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr3 + 5216813 5216820 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr3 - 5216811 5216818 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr17 - 5491029 5491036 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr12 + 6097834 6097841 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr6 + 6156399 6156406 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr7 + 6388844 6388851 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr9 + 6502459 6502466 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr3 - 6616239 6616246 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr19 + 6769496 6769503 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr20 - 6795845 6795852 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr12 + 6833049 6833056 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr5 + 6960705 6960712 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr2 + 7006835 7006842 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr20 + 7131901 7131908 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr18 - 7154703 7154710 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr12 + 7519410 7519417 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr6 + 7541140 7541147 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr17 + 7560696 7560703 3.47e-05 0.215 TTTaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr16 - 7603313 7603320 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr5 + 7607316 7607323 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr6 + 7615796 7615803 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr2 + 7718159 7718166 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr2 - 7718157 7718164 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr3 + 7744118 7744125 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr19 - 7813573 7813580 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr10 - 7920084 7920091 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr10 - 7920173 7920180 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr5 + 8050925 8050932 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr5 - 8050923 8050930 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr10 + 8097434 8097441 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr10 - 8097432 8097439 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr18 + 8127500 8127507 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr18 - 8127498 8127505 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr2 + 8162015 8162022 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr1 + 8215622 8215629 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr8 - 8241987 8241994 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr7 + 8261571 8261578 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr5 + 8298727 8298734 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr18 + 8311329 8311336 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr17 - 8348448 8348455 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr7 + 8402995 8403002 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr1 + 8520975 8520982 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr6 + 8625224 8625231 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr6 - 8625222 8625229 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr10 - 8633724 8633731 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr16 - 9054711 9054718 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr11 + 9058886 9058893 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr16 - 9084422 9084429 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr8 + 9096732 9096739 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr8 - 9096730 9096737 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr18 - 9104731 9104738 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr1 + 9111533 9111540 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chrX + 9116076 9116083 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chrX - 9116074 9116081 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr16 + 9322048 9322055 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr16 + 9322137 9322144 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr16 - 9322135 9322142 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr5 + 9456819 9456826 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr2 + 9482148 9482155 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr11 + 9528822 9528829 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr11 - 9540441 9540448 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr11 - 9751522 9751529 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr8 - 9766739 9766746 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr9 + 10009229 10009236 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr10 - 10043691 10043698 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr12 - 10052011 10052018 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr6 + 10158632 10158639 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr11 - 10273483 10273490 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr11 + 10280355 10280362 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr7 - 10369325 10369332 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr17 + 10427205 10427212 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr17 + 10427224 10427231 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr8 - 10448283 10448290 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr9 + 10595980 10595987 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr6 + 10618459 10618466 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr18 + 10743811 10743818 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr2 - 10811187 10811194 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr6 + 10913369 10913376 3.47e-05 0.215 TTTaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr4 + 10962159 10962166 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr16 + 10969697 10969704 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr16 - 10969695 10969702 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr21 - 11090444 11090451 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr11 - 11093817 11093824 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr8 - 11096246 11096253 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr19 - 11178446 11178453 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr5 - 11182890 11182897 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr10 - 11321710 11321717 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr6 - 11450354 11450361 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr12 + 11502394 11502401 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr5 + 11539093 11539100 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr5 - 11539091 11539098 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr19 - 11564888 11564895 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr6 + 11755562 11755569 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
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TTTAHAAA DREME-25 chr3 + 64654549 64654556 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr13 + 64673104 64673111 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr2 + 64701564 64701571 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr11 - 65202477 65202484 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr17 - 65212002 65212009 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr11 + 65266961 65266968 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr2 - 65284643 65284650 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr3 + 65343436 65343443 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr7 + 65385684 65385691 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr17 - 65435076 65435083 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr5 - 65454806 65454813 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr2 + 65570081 65570088 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr2 - 65570079 65570086 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr10 + 65700055 65700062 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr5 - 65772224 65772231 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr10 - 65790815 65790822 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr10 + 66025329 66025336 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr8 - 66131896 66131903 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr10 + 66177550 66177557 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr5 - 66200088 66200095 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr18 + 66241958 66241965 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr18 - 66241956 66241963 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr5 + 66246940 66246947 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr4 + 66308944 66308951 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr4 - 66308942 66308949 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr2 + 66399776 66399783 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr11 + 66535062 66535069 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr5 + 66737414 66737421 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr17 + 66790962 66790969 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr17 - 66790960 66790967 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr15 + 66873441 66873448 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr3 - 66880183 66880190 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr1 - 66902150 66902157 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr15 - 66912593 66912600 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr6 - 67117166 67117173 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr6 + 67117242 67117249 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr13 - 67238582 67238589 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr2 - 67257617 67257624 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr17 - 67308712 67308719 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr7 - 67480376 67480383 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr5 - 67489824 67489831 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr6 + 68175708 68175715 3.47e-05 0.215 tttaaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr3 - 68185761 68185768 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr12 - 68197521 68197528 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr16 - 68260762 68260769 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr3 - 68263982 68263989 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr4 + 68332555 68332562 3.47e-05 0.215 TTTAaaaa
TTTAHAAA DREME-25 chr4 - 68332553 68332560 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr2 + 68510184 68510191 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr2 - 68510182 68510189 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
TTTAHAAA DREME-25 chr2 + 68510196 68510203 3.47e-05 0.215 TTTAAAAA
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc chipseq_overlap/fimo_out_23 --bgfile chipseq_overlap/background --motif TTTAHAAA chipseq_overlap/dreme_out/dreme.xml chipseq_overlap/chipseq.overlap.optimal_peak.fa

Settings: 


  

    output_directory = chipseq_overlap/fimo_out_23
    MEME file name = chipseq_overlap/dreme_out/dreme.xml
    sequence file name = chipseq_overlap/chipseq.overlap.optimal_peak.fa
  
  

    background file name = chipseq_overlap/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

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