Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE seqnotcut_memechip_out/seqnotcut.fa
Database contains 22935 sequences, 4983528 residues

MOTIFS seqnotcut_memechip_out/dreme_out/dreme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
AGRDGGCR 8 AGGGGGCA
CCASHAGR 8 CCACCAGG
RKAAA 5 GGAAA
GCKCCMYC 8 GCTCCCCC
CCTSYAG 7 CCTCCAG
CRCCDCC 7 CACCTCC
ATTWY 5 ATTTT
RGGAA 5 GGGAA
CTGYCWCC 8 CTGCCTCC
ACAGCRHC 8 ACAGCACC
CTGCAG 6 CTGCAG
ACGTG 5 ACGTG
GYCACTGY 8 GCCACTGC
CTACTGVC 8 CTACTGGC
TGGGGGCR 8 TGGGGGCA
GCAGCVKC 8 GCAGCAGC
MCACAS 6 CCACAG
KTTAAAW 7 TTTAAAT
AAMAMAAA 8 AAAAAAAA
AAATRY 6 AAATGC
CTGCCMTC 8 CTGCCCTC
TAGCGKTA 8 TAGCGGTA
TGTGACAA 8 TGTGACAA
GHGGCCRC 8 GAGGCCGC
CAGYAGAG 8 CAGCAGAG
GACDCCA 7 GACACCA
GCBGGGA 7 GCTGGGA
CAKCCTCC 8 CAGCCTCC
TGSTGACA 8 TGCTGACA
AYTCCAGC 8 ACTCCAGC
AAACAKC 7 AAACAGC
AGGGGTCR 8 AGGGGTCA
KGGAGACA 8 GGGAGACA

Random model letter frequencies (seqnotcut_memechip_out/background):
A 0.226 C 0.274 G 0.274 T 0.226

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
GYCACTGY DREME-13 chr19 - 412502 412509 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr11 - 612294 612301 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr17 - 698233 698240 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr20 - 749494 749501 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr5 - 758025 758032 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr16 - 947335 947342 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr7 - 1216779 1216786 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr5 - 1235680 1235687 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr2 - 1479249 1479256 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr11 - 1575623 1575630 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr11 - 1575733 1575740 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr1 - 1790283 1790290 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr2 - 1895670 1895677 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr12 - 1910055 1910062 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr17 - 2155122 2155129 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr9 - 2244202 2244209 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr19 - 2316182 2316189 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr20 - 2320969 2320976 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr12 - 2427070 2427077 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr19 - 2479752 2479759 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr8 - 2537755 2537762 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr2 - 2547128 2547135 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr20 - 2654955 2654962 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr17 - 2723508 2723515 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chrY - 2781364 2781371 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr8 - 2877516 2877523 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr16 - 2944290 2944297 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr20 - 3148927 3148934 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr17 - 3595342 3595349 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr16 - 3716288 3716295 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr10 - 3777456 3777463 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr10 - 3823783 3823790 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr19 - 3853003 3853010 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr17 - 3920993 3921000 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr10 - 4216666 4216673 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr16 - 4313729 4313736 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr4 - 4426098 4426105 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr17 - 4454730 4454737 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr7 - 5512457 5512464 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr17 - 5565014 5565021 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr20 - 5787282 5787289 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr19 - 5897519 5897526 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr1 - 5920400 5920407 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr1 - 6333172 6333179 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr6 - 6367081 6367088 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr19 - 6733528 6733535 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr5 - 6769029 6769036 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr17 - 7296955 7296962 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr5 - 7805661 7805668 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr6 - 7899424 7899431 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr7 - 8109050 8109057 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr7 - 8109056 8109063 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr18 - 8359222 8359229 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr12 - 9216976 9216983 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr17 - 9531985 9531992 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr2 - 9557223 9557230 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr9 - 9598781 9598788 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr2 - 9905783 9905790 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr5 - 10358133 10358140 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr6 - 10404403 10404410 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr19 - 10446466 10446473 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr18 - 10518770 10518777 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr1 - 10849039 10849046 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr19 - 11125303 11125310 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr6 - 11264447 11264454 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr2 - 11729797 11729804 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr2 - 11729845 11729852 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr1 - 11745365 11745372 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr1 - 11809448 11809455 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr1 - 11915082 11915089 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr2 - 11925755 11925762 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr18 - 12010340 12010347 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr16 - 12352151 12352158 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr18 - 12702758 12702765 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr16 - 12719067 12719074 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr5 - 12945783 12945790 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr4 - 13105275 13105282 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr10 - 13927357 13927364 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr4 - 13940078 13940085 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr8 - 14262448 14262455 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr6 - 14284069 14284076 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr6 - 14317457 14317464 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr10 - 15014067 15014074 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr21 - 15454615 15454622 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr1 - 16029789 16029796 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr4 - 16094421 16094428 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr17 - 16208327 16208334 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr8 - 16857597 16857604 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr11 - 16903106 16903113 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr16 - 17090937 17090944 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chrX - 17101259 17101266 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr11 - 17129472 17129479 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr11 - 17225346 17225353 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr1 - 18054761 18054768 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr1 - 18180406 18180413 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr22 - 18548185 18548192 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr20 - 18759892 18759899 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr19 - 18783773 18783780 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr1 - 19009112 19009119 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr4 - 19158639 19158646 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr4 - 19158645 19158652 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chrX - 19244293 19244300 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr1 - 19422936 19422943 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr9 - 19521413 19521420 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr11 - 19720017 19720024 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr1 - 19737136 19737143 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr12 - 19932430 19932437 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr12 - 19932436 19932443 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr2 - 20431840 20431847 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr13 - 21069990 21069997 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr1 - 21594940 21594947 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr13 - 21755031 21755038 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr1 - 21984430 21984437 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr2 - 22660262 22660269 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr1 - 22840471 22840478 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr22 - 23278192 23278199 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr2 - 23859847 23859854 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr5 - 24257477 24257484 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr4 - 24430685 24430692 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr21 - 24947413 24947420 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr4 - 25533171 25533178 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr22 - 26419552 26419559 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr16 - 26581352 26581359 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr4 - 26591508 26591515 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr5 - 26808126 26808133 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr12 - 27192636 27192643 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr1 - 27902569 27902576 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr15 - 28304434 28304441 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr1 - 28867378 28867385 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr15 - 29227688 29227695 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr7 - 29349089 29349096 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr1 - 29444091 29444098 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr1 - 29823376 29823383 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr16 - 29963441 29963448 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chrX - 30326478 30326485 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr6 - 30332680 30332687 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr19 - 30502086 30502093 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr22 - 30850411 30850418 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr2 - 31030397 31030404 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr7 - 31164244 31164251 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr13 - 31508766 31508773 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr8 - 31825186 31825193 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr20 - 32032856 32032863 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr9 - 32396045 32396052 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr10 - 32635249 32635256 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr6 - 32775056 32775063 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr11 - 32914835 32914842 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr1 - 33252784 33252791 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr19 - 34196188 34196195 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr19 - 34323758 34323765 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr1 - 34808182 34808189 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
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GYCACTGY DREME-13 chr17 + 80637572 80637579 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr5 + 80638963 80638970 3.96e-05 0.323 gccactgc
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GYCACTGY DREME-13 chr17 + 80669801 80669808 3.96e-05 0.323 gccactgc
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GYCACTGY DREME-13 chr9 + 85310799 85310806 3.96e-05 0.323 gccactgc
GYCACTGY DREME-13 chr11 + 85375380 85375387 3.96e-05 0.323 gccactgt
GYCACTGY DREME-13 chr16 + 85478881 85478888 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
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GYCACTGY DREME-13 chr8 + 86376557 86376564 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
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GYCACTGY DREME-13 chr16 + 87206441 87206448 3.96e-05 0.323 gccactgc
GYCACTGY DREME-13 chr7 + 87538348 87538355 3.96e-05 0.323 gccactgt
GYCACTGY DREME-13 chr10 + 87736296 87736303 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr4 + 87819930 87819937 3.96e-05 0.323 gccactgc
GYCACTGY DREME-13 chr4 + 88906965 88906972 3.96e-05 0.323 gccactgt
GYCACTGY DREME-13 chr6 + 90502696 90502703 3.96e-05 0.323 gccactgc
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GYCACTGY DREME-13 chr14 + 93461468 93461475 3.96e-05 0.323 gccactgc
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GYCACTGY DREME-13 chr12 + 94271399 94271406 3.96e-05 0.323 gccactgc
GYCACTGY DREME-13 chr7 + 94285540 94285547 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr12 + 95266764 95266771 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr9 + 95449434 95449441 3.96e-05 0.323 gccactgt
GYCACTGY DREME-13 chr14 + 95800624 95800631 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr9 + 95815564 95815571 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr9 + 96053086 96053093 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr9 + 96190388 96190395 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr3 + 96498866 96498873 3.96e-05 0.323 gccactgt
GYCACTGY DREME-13 chr6 + 96842791 96842798 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr13 + 96869006 96869013 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr5 + 97180634 97180641 3.96e-05 0.323 gccactgt
GYCACTGY DREME-13 chr3 + 97687037 97687044 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr3 + 97978762 97978769 3.96e-05 0.323 gccactgc
GYCACTGY DREME-13 chr10 + 98162372 98162379 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr6 + 98174376 98174383 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chrX + 98211193 98211200 3.96e-05 0.323 gccactgc
GYCACTGY DREME-13 chr7 + 98868464 98868471 3.96e-05 0.323 gccactgc
GYCACTGY DREME-13 chr2 + 98914566 98914573 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
GYCACTGY DREME-13 chr2 + 99134720 99134727 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr14 + 99641039 99641046 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr14 + 100631881 100631888 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr14 + 101215419 101215426 3.96e-05 0.323 gccactgc
GYCACTGY DREME-13 chr14 + 101373025 101373032 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr11 + 101387346 101387353 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr9 + 101405494 101405501 3.96e-05 0.323 gccactgc
GYCACTGY DREME-13 chr15 + 101569545 101569552 3.96e-05 0.323 GCCACTGC
GYCACTGY DREME-13 chr8 + 101876036 101876043 3.96e-05 0.323 GCCACTGT
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc seqnotcut_memechip_out/fimo_out_14 --bgfile seqnotcut_memechip_out/background --motif GYCACTGY seqnotcut_memechip_out/dreme_out/dreme.xml seqnotcut_memechip_out/seqnotcut.fa

Settings: 


  

    output_directory = seqnotcut_memechip_out/fimo_out_14
    MEME file name = seqnotcut_memechip_out/dreme_out/dreme.xml
    sequence file name = seqnotcut_memechip_out/seqnotcut.fa
  
  

    background file name = seqnotcut_memechip_out/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

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