Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE intersect_memechip_out/idr.intersect.fa
Database contains 29682 sequences, 5691754 residues

MOTIFS intersect_memechip_out/dreme_out/dreme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
AGRKGGCR 8 AGGGGGCA
CCASYAGR 8 CCACCAGG
DTTTCY 6 TTTTCT
KGTGGY 6 TGTGGC
AGRKGGAG 8 AGGGGGAG
ATTHY 5 ATTCT
KHACTGCA 8 GCACTGCA
GCGCCBCC 8 GCGCCCCC
CKBCCTCC 8 CTGCCTCC
RGRAA 5 AGGAA
CCKCTAGR 8 CCTCTAGG
MGTGGYCA 8 AGTGGCCA
ACAGYGVC 8 ACAGTGAC
AAAMAAAA 8 AAAAAAAA
AAATRY 6 AAATGC
ACAGCABC 8 ACAGCAGC
CACTAGAK 8 CACTAGAG
RGWGACA 7 AGAGACA
GYGGCCGY 8 GCGGCCGC
GGACRC 6 GGACAC
CTGYAG 6 CTGCAG
CGCCKCC 7 CGCCTCC
TWTAAAW 7 TTTAAAA
GGGCAGYA 8 GGGCAGCA
GGGCGGGR 8 GGGCGGGG
ACABACAC 8 ACACACAC
CCGCCAGR 8 CCGCCAGG
CAGAGAM 7 CAGAGAA
GTGGWA 6 GTGGAA
GTGGCWGA 8 GTGGCTGA
ATAAATRA 8 ATAAATGA
AAACTRCA 8 AAACTGCA
CAGCVTC 7 CAGCCTC
ACGT 4 ACGT
GTAKATAC 8 GTAGATAC
GWAAACA 7 GTAAACA
AGAKGGTG 8 AGAGGGTG
GAYATTGC 8 GACATTGC

Random model letter frequencies (intersect_memechip_out/background):
A 0.249 C 0.251 G 0.251 T 0.249

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
TWTAAAW DREME-23 chr5 - 447028 447034 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr2 + 529666 529672 5.92e-05 0.187 tttaaaa
TWTAAAW DREME-23 chr2 - 529665 529671 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr6 + 593275 593281 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr6 - 593274 593280 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr20 + 626373 626379 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr11 + 723468 723474 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr6 + 797620 797626 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr6 - 797619 797625 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr12 - 860545 860551 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr11 + 1108843 1108849 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr12 + 1175531 1175537 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr20 + 1420903 1420909 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr5 - 1645283 1645289 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr19 + 1782013 1782019 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr19 - 1782012 1782018 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr2 + 1890279 1890285 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr2 - 1890278 1890284 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr16 + 1913746 1913752 5.92e-05 0.187 tttaaaa
TWTAAAW DREME-23 chr16 - 1913745 1913751 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr9 + 2132615 2132621 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr9 - 2132614 2132620 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr19 + 2262099 2262105 5.92e-05 0.187 tttaaaa
TWTAAAW DREME-23 chr19 - 2262098 2262104 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr8 + 2366738 2366744 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr7 + 2387740 2387746 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr19 + 2391385 2391391 5.92e-05 0.187 tttAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr19 - 2391384 2391390 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr20 + 2435614 2435620 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr20 - 2435613 2435619 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr20 - 2435642 2435648 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr12 - 2469988 2469994 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr20 + 2502640 2502646 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr20 - 2627654 2627660 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr20 + 2654928 2654934 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr4 + 2674974 2674980 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chrX + 2794059 2794065 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chrX - 2794058 2794064 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr9 - 2857699 2857705 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr18 - 2948098 2948104 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr20 + 2981671 2981677 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr10 - 3020587 3020593 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr16 + 3144857 3144863 5.92e-05 0.187 tttaaaa
TWTAAAW DREME-23 chr18 + 3151647 3151653 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr18 - 3151646 3151652 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr19 + 3305063 3305069 5.92e-05 0.187 tttaaaa
TWTAAAW DREME-23 chr19 - 3305062 3305068 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr20 - 3544487 3544493 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chrX + 3556457 3556463 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr1 + 3702243 3702249 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr1 - 3702242 3702248 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr18 + 3772700 3772706 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr18 - 3772699 3772705 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr2 + 3775873 3775879 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr18 - 3998994 3999000 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr17 + 4118842 4118848 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr17 - 4152844 4152850 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr11 - 4208373 4208379 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr4 - 4254551 4254557 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr9 - 4339429 4339435 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr17 + 4529365 4529371 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr17 - 4529364 4529370 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr3 - 4675166 4675172 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr5 + 4862802 4862808 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr5 + 4862813 4862819 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr5 + 4862911 4862917 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr12 + 4867370 4867376 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr12 - 4867369 4867375 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr7 - 4885773 4885779 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr20 + 4937099 4937105 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr20 - 4937098 4937104 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr19 + 4976552 4976558 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr20 + 5081626 5081632 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr20 - 5081625 5081631 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr3 - 5164568 5164574 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr6 + 5175577 5175583 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr1 + 5180264 5180270 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr9 - 5186553 5186559 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr16 - 5479001 5479007 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr17 + 5491031 5491037 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr17 - 5491030 5491036 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr12 - 5538167 5538173 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr18 + 5600604 5600610 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr18 + 5600676 5600682 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr18 - 5600675 5600681 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr19 - 5689490 5689496 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr4 - 6021940 6021946 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr9 - 6055382 6055388 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr11 - 6121082 6121088 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr20 - 6159453 6159459 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr6 + 6316120 6316126 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr6 - 6316119 6316125 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr7 + 6388844 6388850 5.92e-05 0.187 tttaaaa
TWTAAAW DREME-23 chr19 - 6412679 6412685 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr10 - 6448476 6448482 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr16 + 6693189 6693195 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr17 - 6746711 6746717 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr17 - 6746829 6746835 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr12 + 6845078 6845084 5.92e-05 0.187 tttaaaa
TWTAAAW DREME-23 chr12 - 6845077 6845083 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr1 + 6854357 6854363 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr1 + 6854522 6854528 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr1 - 6854521 6854527 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr9 + 6910097 6910103 5.92e-05 0.187 tttaaaa
TWTAAAW DREME-23 chr9 - 6910096 6910102 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr1 - 6950097 6950103 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr2 + 6968616 6968622 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr2 - 6968615 6968621 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr3 + 7036277 7036283 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr3 - 7036276 7036282 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr10 - 7096971 7096977 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr11 + 7119565 7119571 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr17 - 7249278 7249284 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr11 + 7299678 7299684 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr11 - 7299677 7299683 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr20 + 7356708 7356714 5.92e-05 0.187 tttaaaa
TWTAAAW DREME-23 chr20 - 7356707 7356713 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr20 + 7356799 7356805 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr17 + 7576659 7576665 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr6 + 7615796 7615802 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr11 - 7716054 7716060 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr7 + 7721340 7721346 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr18 + 7789996 7790002 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr20 + 7840117 7840123 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr17 + 7892152 7892158 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr20 - 7917233 7917239 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr17 + 7997256 7997262 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr11 - 8008539 8008545 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr1 + 8075279 8075285 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr1 + 8091487 8091493 5.92e-05 0.187 ttTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr8 - 8105558 8105564 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr11 + 8120940 8120946 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr12 - 8199273 8199279 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr6 + 8219841 8219847 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr7 + 8335959 8335965 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr7 - 8335958 8335964 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr3 - 8343960 8343966 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr3 + 8459190 8459196 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr11 - 8588352 8588358 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr18 + 8654781 8654787 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr18 - 8654780 8654786 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr18 - 8696835 8696841 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr20 + 8740418 8740424 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr20 - 8740417 8740423 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr5 + 8756836 8756842 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr5 - 8756835 8756841 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr20 + 8810098 8810104 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr20 - 8810097 8810103 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr9 + 8895999 8896005 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr9 - 8896018 8896024 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr18 + 8982603 8982609 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr18 - 8982602 8982608 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr18 + 8982755 8982761 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
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TWTAAAW DREME-23 chr6 + 16183441 16183447 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
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TWTAAAW DREME-23 chr5 - 23209150 23209156 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr5 + 23209183 23209189 5.92e-05 0.187 tttaaaa
TWTAAAW DREME-23 chr4 - 23339133 23339139 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr13 + 23375628 23375634 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr13 - 23375627 23375633 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr14 + 23538323 23538329 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr14 - 23538322 23538328 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr11 - 23561746 23561752 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
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TWTAAAW DREME-23 chr10 - 23583754 23583760 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
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TWTAAAW DREME-23 chr21 - 28142131 28142137 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr21 + 28222640 28222646 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr21 - 28222778 28222784 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
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TWTAAAW DREME-23 chr11 + 34018817 34018823 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr6 + 34119276 34119282 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr7 - 34131034 34131040 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr9 + 34155706 34155712 5.92e-05 0.187 TTtaaaa
TWTAAAW DREME-23 chr9 - 34155705 34155711 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr14 - 34262166 34262172 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chrX - 34319273 34319279 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr21 + 34569304 34569310 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr19 - 34636920 34636926 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr13 + 34651472 34651478 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr13 - 34651471 34651477 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr13 + 34651485 34651491 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr13 - 34651484 34651490 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr7 - 34715491 34715497 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr14 - 34793685 34793691 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr11 - 34947777 34947783 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr5 - 34958344 34958350 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr20 - 35068002 35068008 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr6 - 35114263 35114269 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr14 + 35192328 35192334 5.92e-05 0.187 tttaaaa
TWTAAAW DREME-23 chr14 - 35192327 35192333 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr15 + 35212481 35212487 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr11 + 35434088 35434094 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr17 - 35596735 35596741 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr17 + 35596855 35596861 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr9 - 35604074 35604080 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr14 - 35610073 35610079 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr14 + 35610190 35610196 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr14 - 35610189 35610195 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr21 - 35739706 35739712 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
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TWTAAAW DREME-23 chr20 + 36172255 36172261 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr20 - 36172254 36172260 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr3 - 36173789 36173795 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr17 + 36176181 36176187 5.92e-05 0.187 tttaaaa
TWTAAAW DREME-23 chr17 - 36176180 36176186 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr6 - 36328468 36328474 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
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TWTAAAW DREME-23 chr4 - 36401527 36401533 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr6 + 36412045 36412051 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr6 - 36412044 36412050 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr14 - 36432693 36432699 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr9 - 36450301 36450307 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
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TWTAAAW DREME-23 chr1 + 36751317 36751323 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr1 - 36751316 36751322 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
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TWTAAAW DREME-23 chr22 - 37654671 37654677 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr14 - 37702243 37702249 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
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TWTAAAW DREME-23 chr18 - 37739633 37739639 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
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TWTAAAW DREME-23 chr21 + 38034318 38034324 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
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TWTAAAW DREME-23 chr22 + 40833017 40833023 5.92e-05 0.187 tttaaaa
TWTAAAW DREME-23 chr22 - 40833016 40833022 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
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TWTAAAW DREME-23 chr4 - 40978563 40978569 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
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TWTAAAW DREME-23 chr12 - 41315509 41315515 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
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TWTAAAW DREME-23 chr1 - 41414747 41414753 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chrX + 41418055 41418061 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chrX - 41418054 41418060 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr21 + 41516043 41516049 5.92e-05 0.187 tttaaaa
TWTAAAW DREME-23 chr21 - 41516042 41516048 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr19 + 41632705 41632711 5.92e-05 0.187 tttaaaa
TWTAAAW DREME-23 chr19 - 41632704 41632710 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr5 - 41636799 41636805 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr5 + 41636822 41636828 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr2 + 41641708 41641714 5.92e-05 0.187 tttaaaa
TWTAAAW DREME-23 chr4 + 41663764 41663770 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr4 - 41663763 41663769 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr12 - 41670997 41671003 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr4 + 41727538 41727544 5.92e-05 0.187 tttaaaa
TWTAAAW DREME-23 chr20 + 41816489 41816495 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr21 - 41838914 41838920 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr21 + 41838940 41838946 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr17 + 41843882 41843888 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr8 + 41853025 41853031 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr8 - 41853024 41853030 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr4 + 41890233 41890239 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr13 + 41927313 41927319 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr13 - 41927312 41927318 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr4 - 41959976 41959982 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr5 - 42005873 42005879 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr5 + 42005890 42005896 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr7 + 42019632 42019638 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr19 + 42048436 42048442 5.92e-05 0.187 tttaaAA
TWTAAAW DREME-23 chr19 - 42048435 42048441 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr19 + 42048455 42048461 5.92e-05 0.187 tttaaaa
TWTAAAW DREME-23 chr6 - 42054319 42054325 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr22 + 42362890 42362896 5.92e-05 0.187 tttaaaa
TWTAAAW DREME-23 chr22 - 42362889 42362895 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr15 + 42430111 42430117 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr15 - 42430110 42430116 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr19 + 42528043 42528049 5.92e-05 0.187 tttaaaa
TWTAAAW DREME-23 chr8 + 42660659 42660665 5.92e-05 0.187 TTTaaaa
TWTAAAW DREME-23 chr8 - 42660658 42660664 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr11 + 42792133 42792139 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr11 - 42792132 42792138 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr20 - 42819013 42819019 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr3 + 42871979 42871985 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr3 - 42871978 42871984 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr13 + 42908411 42908417 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr7 - 42916320 42916326 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr4 + 42997463 42997469 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr3 + 43003331 43003337 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr2 + 43040148 43040154 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr2 - 43040147 43040153 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr13 + 43169192 43169198 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr13 - 43169191 43169197 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr2 + 43174211 43174217 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr2 - 43174210 43174216 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr5 + 43227795 43227801 5.92e-05 0.187 tttaaaa
TWTAAAW DREME-23 chr5 - 43227794 43227800 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr5 - 43390096 43390102 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
TWTAAAW DREME-23 chr20 + 43429173 43429179 5.92e-05 0.187 TTTAAAA
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc intersect_memechip_out/fimo_out_20 --bgfile intersect_memechip_out/background --motif TWTAAAW intersect_memechip_out/dreme_out/dreme.xml intersect_memechip_out/idr.intersect.fa

Settings: 


  

    output_directory = intersect_memechip_out/fimo_out_20
    MEME file name = intersect_memechip_out/dreme_out/dreme.xml
    sequence file name = intersect_memechip_out/idr.intersect.fa
  
  

    background file name = intersect_memechip_out/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

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